2. Algorithme Smith et Waterman

Paralléliser l'algorithme d'alignement de Smith et Waterman (SW) vu au cours dans l'optique suivante: On veut comparer une séquence d'input avec toute une base de données. Fractionner la base de donnée sur p processeurs (SP2 ou réseau de stations) et faire p alignements en parallèle. Ramener les k meilleurs alignements ainsi trouvés sur un seul processeur.

 

Thu Jun 11 10:11:17 MET DST 1998